中共鄂爾多斯市直屬機關工作委員會內設6個部室。
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負責機關日常運轉和內外聯系、綜合協調，負責文字綜合、日常值班、秘書事務、文電處理、會議組織、信息綜合、文件審核、保密機要、文書檔案、行政事務管理等工作。負責財務、固定資產管理工作，指導和監管所屬單位財務工作。負責機關干部人事、機構編制工作。負責機關黨風廉政建設工作。負責完成上級和領導交辦的其他組織、協調工作。
?。ǘ┙M織部
負責對黨政機關、人民團體、事業單位、國有企業等各類基層黨組織分類指導。負責基層黨組織機構設置工作，負責關于召開黨員大會或黨員代表大會請示的報批工作，負責機關黨委和機關紀委領導班子組成及書記、副書記任免的報批工作。負責市直機關黨建情況的調查研究，擬定工作規劃，提出加強和改進機關黨建工作的意見措施。負責有關黨的代表大會和黨代表會議代表的推選和報批工作。研究、指導黨員發展、教育和管理工作，做好流動黨員管理、黨費管理工作。指導市直機關各部門機關黨委（黨總支、黨支部）組織生活會。負責市直機關智慧黨建調度平臺的管理、維護、運行等工作。指導和聯絡協調各旗區工委工作。
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負責指導市直機關黨的宣傳思想工作，指導市直機關各級黨組織和黨員干部學習黨的理論和路線方針政策。督促檢查和指導市直機關各部門黨委（黨組）理論學習中心組學習。指導監督市直機關各部門黨委（黨組）落實意識形態工作責任制。了解掌握分析研判干部職工思想動態。指導監管市直機關各類媒體應用，做好輿論引導，培育和踐行社會主義核心價值觀。指導市直機關的思想政治和精神文明建設工作。
（四）黨建督察指導部
負責統籌協調督查工作，負責市直機關黨建督查、考核工作。負責督促指導市直機關各部門機關黨委（黨總支、黨支部）按期換屆。對市直機關各級黨組織、黨員領導干部落實黨建工作責任制、黨風廉政建設工作責任制、遵守政治紀律和政治規矩情況進行督查。負責完成領導交辦的其他督查指導工作。
（五） 群團工作部
負責指導市直機關黨組織做好群團工作和統戰工作，提出有關工作規劃。負責本單位離退休人員工作；負責聯系市直機關黨外人士，加強思想引導，反映有關情況；負責領導市直機關工會組織、婦女組織等群眾組織按照各自章程開展工作。維護職工、婦女的合法權益，做好思想政治工作。審批各部門機關工會設立、換屆、領導班子組成及主席任免；負責領導市直機關團的工作和青年工作，指導各級團組織做好思想建設和組織建設工作，審批市直機關團組織的設立、換屆、領導班子組成及書記、副書記任免。組織實施適合團員青年的活動，了解掌握青年工作情況，反映團員、青年思想動態。
(六)綜合保障中心
承擔機關后勤管理相關工作；負責市直機關黨建研究會工作，開展市直機關黨建理論研究、教學工作；協助市委黨校工作，完成其交辦的相關工作任務，受其委托在市直機關工委領導下，具體開展市直機關專兼職黨務干部、入黨積極分子、新發展黨員、紀檢監察干部、工會工委、團工委、婦工委等群團相關培訓工作；承擔市直機關工委交辦的其他相關工作。
